Influence of extraction method on protein profile of soybeans
Uticaj metode ekstrakcije na proteinske profile proteina soje
Апстракт
Comparison between protein profiles of soybean obtained by commonly used methods of extraction (Tris buffer and Tris-urea buffer) with methods used for extraction of plant proteins for 2D PAGE analysis (direct solubilization in IEF buffer, acetone extraction, phenol extraction, extraction with urea solubilization buffer and thiourea-urea extraction) was investigated. 2D profiles of samples extracted directly in IEF buffer, in urea solubilization buffer and in acetone were characterized with low number of spots. Analysis of 2D PAGE profiles of Tris buffer and Tris-urea buffer extracts showed high degree of horizontal and vertical streaking. Thiourea-urea extraction gave a higher number of less intense protein spots than phenol extraction. The method of choice, due to a large number of intense spots, would be phenol extraction.
Upoređeni su profili proteina semena soje dobijeni tradicionalnim metodama ekstrakcije (Tris-HCl puffer i Tris-urea pufer) sa profilima proteina soje ekstrahovanim metodama koje se obično koriste za ekstrakciju biljnih proteina za 2D PAGE analizu (direktno rastvaranje u IEF puferu, acetonska ekstrakcija, fenolna ekstrakcija, ekstrakcija puferom sa ureom i tiourea/urea ekstrakcija). Cilj rada je bio utvrditi primenljivost ekstrakcije Tris-HCl i Tris-urea puferom u 2D PAGE analizi. Raširena primena ove dve metode ekstrakcije zasnovana je na dobijanju visoke koncentracije proteina koji se karakterišu dobrom rastvorljivošću, kao i na već dobro poznatim Rf vrednostima pojedinih proteinskih podjedinica na SDS PAGE elektroforegramima visoke rezolucije. Tako bi njihova eventualna primena u proteomiks analizama, omogućila kako brzu analizu uzoraka, tako i prikupljanje većeg broja podataka, jer bi se izbegla potreba za resolubilizacijom i gubitak proteina. Poređenje ekstrakcionih metoda vršeno j...e na osnovu broja rastvornih proteina u ekstraktu, kao i denzitometrijskih merenja broja, intenziteta i oštrine tačaka na 2D profilima u okviru dva različita pH opsega. Premda ekstrakcije sa Tris-HCl i Tris-urea puferom daju najveću koncentraciju proteina u ekstraktu, ove metode daju manji broj tačaka u poredjenju sa ostalim ispitivanim metodama. Takođe, izraženo vertikalno i horizontalno 'razvlačenje' onemogućavaju preciznu denzitometrijsku analizu. Dodatni nedostatak ovih metoda (pogotovu ekstrakcije sa Tris-HCl puferom) jeste produženo vreme potrebno za korak izoelektričnog fokusiranja u poredjenju sa ostalim metodama. Direktna ekstrakcija u IEF puferu i ekstrakcija puferom sa ureom daju slične rezultate i karakterišu se malim brojem difuznih tačaka. Acetonskom ekstrakcijom dobija se mala koncentracija rastvorljivih proteina, a na 2D PAGE profilima uočava se visok stepen horizontalnog razvlačenja. Tiourea- urea ekstrakcija daje veći broj manje intenzivnih tačaka u poređenju sa fenolnom ekstrakcijom. Manji intenzitet tačaka može značiti gubitak manje zastupljenih proteina. U slučaju fenolne ekstrakcije, veliki broj koraka tokom pripreme uzorka produžava vreme analize, ali su tačke najintenziivnije. Na osnovu dobijenih rezultata, zaključeno je da je fenolna ekstrakcija metoda izbora za ekstrakciju proteina iz semena soje za analizu 2D PAGE metodom.
Кључне речи:
soybean proteins / 2D PAGE analysis / extraction / densitometry / isoelectric focusing / Sojini proteini / 2D PAGE analiza / Ekstrakcija / Denzitometrija / Izoelektrično fokusiranjeИзвор:
Hemijska industrija, 2013, 67, 4, 687-694Издавач:
- Savez hemijskih inženjera, Beograd
Финансирање / пројекти:
- Интердисциплинарни приступ стварању нових сорти соје и унапређењу технологије гајења и дораде семена (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31022)
DOI: 10.2298/HEMIND120919115P
ISSN: 0367-598X
WoS: 000328297000014
Scopus: 2-s2.0-84883857061
Институција/група
Poljoprivredni fakultetTY - JOUR AU - Pavlićević, Milica Ž. AU - Stanojević, Sladjana AU - Vučelić-Radović, Biljana PY - 2013 UR - http://aspace.agrif.bg.ac.rs/handle/123456789/3232 AB - Comparison between protein profiles of soybean obtained by commonly used methods of extraction (Tris buffer and Tris-urea buffer) with methods used for extraction of plant proteins for 2D PAGE analysis (direct solubilization in IEF buffer, acetone extraction, phenol extraction, extraction with urea solubilization buffer and thiourea-urea extraction) was investigated. 2D profiles of samples extracted directly in IEF buffer, in urea solubilization buffer and in acetone were characterized with low number of spots. Analysis of 2D PAGE profiles of Tris buffer and Tris-urea buffer extracts showed high degree of horizontal and vertical streaking. Thiourea-urea extraction gave a higher number of less intense protein spots than phenol extraction. The method of choice, due to a large number of intense spots, would be phenol extraction. AB - Upoređeni su profili proteina semena soje dobijeni tradicionalnim metodama ekstrakcije (Tris-HCl puffer i Tris-urea pufer) sa profilima proteina soje ekstrahovanim metodama koje se obično koriste za ekstrakciju biljnih proteina za 2D PAGE analizu (direktno rastvaranje u IEF puferu, acetonska ekstrakcija, fenolna ekstrakcija, ekstrakcija puferom sa ureom i tiourea/urea ekstrakcija). Cilj rada je bio utvrditi primenljivost ekstrakcije Tris-HCl i Tris-urea puferom u 2D PAGE analizi. Raširena primena ove dve metode ekstrakcije zasnovana je na dobijanju visoke koncentracije proteina koji se karakterišu dobrom rastvorljivošću, kao i na već dobro poznatim Rf vrednostima pojedinih proteinskih podjedinica na SDS PAGE elektroforegramima visoke rezolucije. Tako bi njihova eventualna primena u proteomiks analizama, omogućila kako brzu analizu uzoraka, tako i prikupljanje većeg broja podataka, jer bi se izbegla potreba za resolubilizacijom i gubitak proteina. Poređenje ekstrakcionih metoda vršeno je na osnovu broja rastvornih proteina u ekstraktu, kao i denzitometrijskih merenja broja, intenziteta i oštrine tačaka na 2D profilima u okviru dva različita pH opsega. Premda ekstrakcije sa Tris-HCl i Tris-urea puferom daju najveću koncentraciju proteina u ekstraktu, ove metode daju manji broj tačaka u poredjenju sa ostalim ispitivanim metodama. Takođe, izraženo vertikalno i horizontalno 'razvlačenje' onemogućavaju preciznu denzitometrijsku analizu. Dodatni nedostatak ovih metoda (pogotovu ekstrakcije sa Tris-HCl puferom) jeste produženo vreme potrebno za korak izoelektričnog fokusiranja u poredjenju sa ostalim metodama. Direktna ekstrakcija u IEF puferu i ekstrakcija puferom sa ureom daju slične rezultate i karakterišu se malim brojem difuznih tačaka. Acetonskom ekstrakcijom dobija se mala koncentracija rastvorljivih proteina, a na 2D PAGE profilima uočava se visok stepen horizontalnog razvlačenja. Tiourea- urea ekstrakcija daje veći broj manje intenzivnih tačaka u poređenju sa fenolnom ekstrakcijom. Manji intenzitet tačaka može značiti gubitak manje zastupljenih proteina. U slučaju fenolne ekstrakcije, veliki broj koraka tokom pripreme uzorka produžava vreme analize, ali su tačke najintenziivnije. Na osnovu dobijenih rezultata, zaključeno je da je fenolna ekstrakcija metoda izbora za ekstrakciju proteina iz semena soje za analizu 2D PAGE metodom. PB - Savez hemijskih inženjera, Beograd T2 - Hemijska industrija T1 - Influence of extraction method on protein profile of soybeans T1 - Uticaj metode ekstrakcije na proteinske profile proteina soje EP - 694 IS - 4 SP - 687 VL - 67 DO - 10.2298/HEMIND120919115P ER -
@article{ author = "Pavlićević, Milica Ž. and Stanojević, Sladjana and Vučelić-Radović, Biljana", year = "2013", abstract = "Comparison between protein profiles of soybean obtained by commonly used methods of extraction (Tris buffer and Tris-urea buffer) with methods used for extraction of plant proteins for 2D PAGE analysis (direct solubilization in IEF buffer, acetone extraction, phenol extraction, extraction with urea solubilization buffer and thiourea-urea extraction) was investigated. 2D profiles of samples extracted directly in IEF buffer, in urea solubilization buffer and in acetone were characterized with low number of spots. Analysis of 2D PAGE profiles of Tris buffer and Tris-urea buffer extracts showed high degree of horizontal and vertical streaking. Thiourea-urea extraction gave a higher number of less intense protein spots than phenol extraction. The method of choice, due to a large number of intense spots, would be phenol extraction., Upoređeni su profili proteina semena soje dobijeni tradicionalnim metodama ekstrakcije (Tris-HCl puffer i Tris-urea pufer) sa profilima proteina soje ekstrahovanim metodama koje se obično koriste za ekstrakciju biljnih proteina za 2D PAGE analizu (direktno rastvaranje u IEF puferu, acetonska ekstrakcija, fenolna ekstrakcija, ekstrakcija puferom sa ureom i tiourea/urea ekstrakcija). Cilj rada je bio utvrditi primenljivost ekstrakcije Tris-HCl i Tris-urea puferom u 2D PAGE analizi. Raširena primena ove dve metode ekstrakcije zasnovana je na dobijanju visoke koncentracije proteina koji se karakterišu dobrom rastvorljivošću, kao i na već dobro poznatim Rf vrednostima pojedinih proteinskih podjedinica na SDS PAGE elektroforegramima visoke rezolucije. Tako bi njihova eventualna primena u proteomiks analizama, omogućila kako brzu analizu uzoraka, tako i prikupljanje većeg broja podataka, jer bi se izbegla potreba za resolubilizacijom i gubitak proteina. Poređenje ekstrakcionih metoda vršeno je na osnovu broja rastvornih proteina u ekstraktu, kao i denzitometrijskih merenja broja, intenziteta i oštrine tačaka na 2D profilima u okviru dva različita pH opsega. Premda ekstrakcije sa Tris-HCl i Tris-urea puferom daju najveću koncentraciju proteina u ekstraktu, ove metode daju manji broj tačaka u poredjenju sa ostalim ispitivanim metodama. Takođe, izraženo vertikalno i horizontalno 'razvlačenje' onemogućavaju preciznu denzitometrijsku analizu. Dodatni nedostatak ovih metoda (pogotovu ekstrakcije sa Tris-HCl puferom) jeste produženo vreme potrebno za korak izoelektričnog fokusiranja u poredjenju sa ostalim metodama. Direktna ekstrakcija u IEF puferu i ekstrakcija puferom sa ureom daju slične rezultate i karakterišu se malim brojem difuznih tačaka. Acetonskom ekstrakcijom dobija se mala koncentracija rastvorljivih proteina, a na 2D PAGE profilima uočava se visok stepen horizontalnog razvlačenja. Tiourea- urea ekstrakcija daje veći broj manje intenzivnih tačaka u poređenju sa fenolnom ekstrakcijom. Manji intenzitet tačaka može značiti gubitak manje zastupljenih proteina. U slučaju fenolne ekstrakcije, veliki broj koraka tokom pripreme uzorka produžava vreme analize, ali su tačke najintenziivnije. Na osnovu dobijenih rezultata, zaključeno je da je fenolna ekstrakcija metoda izbora za ekstrakciju proteina iz semena soje za analizu 2D PAGE metodom.", publisher = "Savez hemijskih inženjera, Beograd", journal = "Hemijska industrija", title = "Influence of extraction method on protein profile of soybeans, Uticaj metode ekstrakcije na proteinske profile proteina soje", pages = "694-687", number = "4", volume = "67", doi = "10.2298/HEMIND120919115P" }
Pavlićević, M. Ž., Stanojević, S.,& Vučelić-Radović, B.. (2013). Influence of extraction method on protein profile of soybeans. in Hemijska industrija Savez hemijskih inženjera, Beograd., 67(4), 687-694. https://doi.org/10.2298/HEMIND120919115P
Pavlićević MŽ, Stanojević S, Vučelić-Radović B. Influence of extraction method on protein profile of soybeans. in Hemijska industrija. 2013;67(4):687-694. doi:10.2298/HEMIND120919115P .
Pavlićević, Milica Ž., Stanojević, Sladjana, Vučelić-Radović, Biljana, "Influence of extraction method on protein profile of soybeans" in Hemijska industrija, 67, no. 4 (2013):687-694, https://doi.org/10.2298/HEMIND120919115P . .