Fatty acid analysis of Erwinia amylovora from Serbia and Montenegro

Abstract

Automated method of fatty acid analysis was used to identify and study heterogeneity of 41 Erwinia amylovora strains, originating from 8 plant species grown in 13 locations in Serbia and one in Montenegro. All strains contained 14:0 3OH fatty acid, characteristic for the 'amylovora' group. According to fatty acid composition 39 strains were identified as E. amylovora as the first choice from the database. Due to their specific fatty acid composition, two strains were identified as E. amylovora, but as a second choice. Fatty acid analysis also showed that E. amylovora population from Serbia could be differentiated in three groups, designated in this study as α, β and γ. All strains originating from central or south Serbia, as well as four strains from north Serbia clustered into group α. Group β and γ contained only strains isolated in northern Serbia (Vojvodina). The results show that E. amylovora population in this area is heterogeneous and indicate pathogen introduction from different directions. Fatty acid analysis enabled identification at species level, as well as new insights of heterogeneity of E. amylovora population.

Automatizovana metoda analize masnih kiselina primenjena je za identifikaciju i proučavanje heterogenosti Erwinia amylovora. Kao materijal za analizu prikupljen je 41 soj E. amylovora izolovan iz 8 različitih vrsta domaćina gajenih u 13 lokaliteta u Srbiji i jednom lokalitetu u Crnoj Gori. Rezultati ukazuju da svi proučavani sojevi poseduju 14:0 3OH masnu kiselinu, koja je karakteristična za 'amylovora' grupu. Na osnovu sastava masnih kiselina 39 sojeva je identifikovano kao E. amylovora, kao prvi izbor iz baze podataka. Dva soja su identifikovana kao E. amylovora, ali tek kao drugi izbor iz baze podataka, što je najverovatnije posledica specifičnosti u sastavu njihovih masnih kiselina. Rezultati analize masnih kiselina takođe pokazuju da populacija E. amylovora poreklom iz Srbije nije homogena i da među sojevima postoje tri grupe ili profila, koji su u ovom radu obeleženi sa α, β i γ. Svi sojevi koji su izolovani na prostoru centralne ili južne Srbije pripadaju grupi α, kao i četiri soja izolovana na području Vojvodine. Grupama β i γ pripadaju samo sojevi izolovani na području Vojvodine. Dobijeni rezultati predstavljaju dokaz heterogenosti populacije E. amylovora na ovim prostorima i ukazuju na mogućnost prodora patogena u naše područje iz različitih pravaca. Analiza masnih kiselina omogućila je ne samo identifikaciju do nivoa vrste, već i nova saznanja o heterogenosti populacije E. amylovora na ovim prostorima.